一個原則：預防為主，防治并重
之所以一再強調生產中的預防，是因為預防的效果遠遠優于只治不防。在食用菌生產中，投入一份資金和精力用于病蟲害的預防，其效果要比投入三份資金和精力防治效果好得多，所謂“防患于未然”的好處在這里體現得淋漓盡致。
在實際生產中，一般可采取“藥物高溫悶棚”的方法殺滅菇棚中的病原，即去掉棚外草苫等覆蓋物后，對棚內噴灑克霉靈等殺菌劑，然后密閉通風口等，使之接受日曬，在高溫作用下，藥劑分子高速活動，并在高溫條件下很快得以釋放和分解，迅速、高效殺滅病菌，并可最大程度降解，避免殘留。一般新建菇棚，用藥一次即可達到目的;老棚或病菌基數較高的地區，可以隔2～3天再用一次藥，密閉兩天后，即可啟用。
兩個概念：對癥下藥，高效低殘
對癥下藥包括兩個方面，一是藥劑要對癥，針對生產中發生的病害種類，采用對癥藥劑殺滅。在實際生產中，不少菇農不管什么病害，也不論是否對癥，只要聽說是殺菌的，拿來就用，往往因藥不對癥，而延誤了最佳防治時機，使得“小病變大病，大病成絕癥”。二是藥劑用量要適當，不可過量用藥。一般播種前堆料及菇棚物料消毒用藥范圍和濃度相對大一些，播種后及出菇前用藥濃度要嚴格控制在安全范圍之內，子實體階段濃度應更低一些。如用辛硫磷加殺螨劑防治螨類害蟲，堆料至出菇前用500倍液，而子實體階段必須用藥時應降低濃度為1000倍液。
高效低殘是指要選用高效低毒低殘留的藥劑，禁用劇毒農藥。常用的殺菌劑有多菌靈、百菌清、克霉靈、代森鋅、甲基托布津、波爾多液、石硫合劑和硫黃粉等;常用的殺蟲劑有辛硫磷、敵敵畏、敵百蟲、殺滅菊酯、磷化鋁、殺螨特等。也可使用微生物制劑。無論是拌料、堆料或是菇棚防治，嚴禁選用劇毒、殘留期長的有機汞、有機磷類藥劑。不同藥劑交替施用可避免病菌、害蟲產生抗藥性而降低藥效。
三個區別：菇棚內外、基料內外、預防和治療的區別
菇棚內用藥，除調配基料營養，用賽百09拌料外，尚應在發菌及出菇期間每隔5天左右噴施一次低濃度的百病傻、賽百09等予以預防，用藥重點是地面、墻體以及通風口等，不得對子實體直接用藥;棚外則可用多菌靈、百菌清等藥劑進行殺菌。 拌料不要用多菌靈、硫菌靈類藥劑，以防殘留;堆料或拌料場所同棚外環境，可用多菌靈、克霉靈等處理。 預防用藥一般采取低濃度、經常性的策略，而發生病害后，則應采取高濃度、一次性殺滅的辦法，以防止死灰復燃，藥劑可選擇百病傻、消霉王等。